Türkler İstanbul’u aldıkları gün Çanakkale Boğazı’nın önemini anladılar. Fatih İstanbul’u korumak için Boğaz’dan düşman gemilerinin geçmesine engel olmaya karar verdi. Boğazda karşı karşıya iki sağlam kale inşa ettirdi. İçlerine konulan toplar arasından “zevrak ve sefain değil, belki tuyuru cevvi sema biperva güzer”  değil gündüz, gece bile kuş dahi geçemezdi.

Kaleler yapıldıktan sonra artık Ege tarafından düşman korkusu kalmadı. “Köprülü Mehmet Paşa”, Boğaz savaşında oraları karadaki bataryalarla savundu. Esasen “Boğazın bütün özelliği ve kuvveti, karadan savunulabilmesinde” gizlidir. Köprülü Mehmet Paşa’nın Sadrazamlığı sırasında Boğazın bir kat daha tahkimine karar verildi. Buna sebep olan şey Girit Seferi sürerken adaya asker, erzak ve cephane göndermek ihtiyacının günden güne artmasıydı. Hatta Girit Savaşı’nın ünlü kahramanlarından Kara Murat Paşa’nın Sadareti zamanında Fatih zamanında yapılan kalelerin yirmi mil aşağısında Boğazın denize açılacak yerinde karşı karşıya Rumeli ve Anadolu kıyılarına iki kale yapılması düşünüldü. Fakat koşullar o sırada uygun değildi. Nihayet ihtiyaç şiddetle baş gösterince 1658 yılında kalelerin inşaatına başlandı.

İstanbul’da ne kadar dülger ve duvarcı varsa toplatıldı. Boğaz hisarlarına getirildi. Bütün bu inşaata “Baş Mimar Mustafa Ağa” nezaret edecekti. Fakat aynı zamanda Eminönü’nde 1603’ten beri terk edilmiş ve tamamlanmamış bir halde kalan Valide Camii’ni de bitirmeye başlayacaktı. Baş Mimar Mustafa Ağa her iki görevi de yerine getirdi ve inşaatları tamamladı.

Boğaza yapılacak olan iki kalenin boyları ve enleri “yüz zira=90 metre” olacaktı. İnşaata o derece hızlı başlandı ki, temelleri kısa sürede toprak yüzeyine erişti. Valide Sultan’ın Kethüdalığı’ndan çıkma “Kaptan Vezir Köse Ali Paşa” kaleleri üzerine nazır tayin edildi. Boğaz hisarları hızla inşa edildiği sırada IV. Mehmet’in annesi Turhan Sultan’la beraber Bursa’dan Edirne’ye geçti. Anadolu kıyısından kadırgalarla Gelibolu’ya geçildi. “Valide Turhan Sultan” inşaatın ne derece ilerlediğini anlamak istedi. Köprülü Mehmet Paşa, Şeyhülislam ve vezirlerden oluşan bir kafile Anadolu yakasına geçtiler. Valide Turhan Sultan Gelibolu’da kaldı.

O gün IV. Mehmet’le beraber bütün vezirlerini gören Boğaz halkı sevinçten şenlikler düzenledi. Kaleden tecrübe için balyemez topları atıldı. Kale dizdarına ve bekçilerine hediyeler verildi. IV. Mehmet, asıl dış boğazda annesinin yaptırdığı kaleleri görmek istiyordu. Fakat inşaat henüz bitmemişti. Bütün ameleler deniz tarafını doldurmaya uğraşıyorlardı. İşçiler büyük bir gayretle çalışarak her iki kaleyi de az zamanda tamamlamayı başardılar.

Kalenin inşaatına 1658 yılında başlanmış ve 1660 yılında da tamamlanmıştı. İnşaatın ilk tarihi daha sonra vakanüvis olan “Hasodalı Şair Abdi Ağa” tarafından şöyle kayda geçirildi:

            “Budur bu kal’anın her birine tarih ey Abdi,

            Kilidi bahri İstanbul şeddi paki Sultani (1660)”

Şair Abdi Ağa, tek bir mısra ile Çanakkale’nin Türkler için önemini ve değerini anlatmış oluyordu. Abdi Ağa’nın bu kaydı yaldızlı ve çiçekli bir çerçeve içinde kalenin görünen bir yerine asıldı.  Abdi Ağa bu uzun manzumesinde Boğazın önemini güzel bir şekilde dile getiriyordu:

            “Dahi her canibinde vaz olundu öyle kim toplar,

            Görünür her biri gaya bir ejderha-yı tülani,

            Saçup ateşlerin her biri hışım ile atılmakta,

            Kıyametler koparır düşmana feryad-ü efganı

            Bu etrafa meğer şimdengru küffar-ı napakin,

            Gelip yaklaşmaya bir zerre denlü var mıdır canı,

            Veli evvel ne zahmetler çekerdi cevr-i kâfirden,

            Boğazdan taşra olan yerlerin erbab-ı sükkanı,

            Varup ta iç boğazın karşusında gabi mel’unlar,

            O denlü met’anet eyledi kim yok hadd-ü payan.”

Boğazın girişine yapılan iki kalenin mimarı olan Mimar Mustafa Ağa, Sultan İbrahim döneminde devlet hizmetinde tamir ve onarımlarla uğraşan bir mimarken, Mimar Koca Kasım Ağa’dan sonra 1644 yılında Davutpaşa Bahçesi’nde bizzat Sultan İbrahim tarafından baş mimar olarak tayin edildi ve baş mimarlık hil’atı ihsan olundu. Mimar Koca Kasım Ağa bu durumu içine sindiremedi ve bir süre sonra tekrar baş mimarlık görevine getirildi. Sultan İbrahim’in 1650 yılında tahtan indirilmesi üzerine Baş mimar Kasım Ağa Valide Turhan Sultan’a kethüda tayin edildi ve baş mimarlığa tekrar Mustafa Ağa tayin edildi. Bu dönemde Baş Mimar Mustafa Ağa Çanakkale Boğazı’nın girişine Kumkale ve Seddülbahir kalelerini yaptı. Yeni Camiyi tamamladı. İnşaatı 1658’de başlanan ve aradan 360 yıl geçmesine karşın hala isimlerini tüm dünyanın bildiği bu kaleler bu süre içerisinde pek çok tarihi olaya ve şahsiyete tanıklık etti.